정부가 부동산 세제 개편안에 담긴 비거주 1주택자의 종합부동산세 기본공제 축소 방안을 다시 들여다보기로 했다. 고위당정협의회에서 관련 제도에 대한 재검토 필요성이 제기된 데 따른 것으로, 오는 9월 3일 세법 개정안 국회 제출을 앞두고 최종 조정 결과에 관심이 쏠리고 있다.

24일 관계 당국에 따르면 재정경제부는 전날 고위당정협의회에서 논의된 내용을 토대로 종부세 비거주 1세대 1주택자의 기본공제 범위를 재검토하고 있다.

현재 거론되는 방안은 비거주 1주택자의 기본공제를 정부안인 공시가격 기준 9억원에서 현행 12억원으로 되돌리거나, 실거주 1주택자와 동일하게 14억원까지 높이는 것이다. 실거주자에 대한 혜택은 유지하면서 비거주자 공제도 일부 상향하는 12억원 수준에서 절충할 가능성도 제기된다.

정부는 앞서 발표한 2026년 세제 개편안에서 1세대 1주택자의 기본공제를 기존 12억원에서 14억원으로 올리면서 비거주 1주택자의 공제는 오히려 12억원에서 9억원으로 낮추기로 했다.

실제로 거주하는 사람에게 세제상 혜택을 더 주면서 주택을 단순히 보유하는 것보다 실제 거주를 유도하겠다는 취지였다. 주택을 투자나 자산 증식 수단이 아닌 실제 생활을 위한 공간으로 활용하도록 유도하겠다는 정책 방향이다.

그러나 세제 개편안 발표 이후 비거주 1주택자에 대한 기준이 지나치게 엄격하다는 지적이 잇따랐다. 직장이나 자녀 교육 등의 이유로 다른 지역에서 전세나 월세로 생활하면서 기존 주택을 보유하는 사례가 적지 않은 현실을 충분히 반영하지 못한다는 것이다.

정부는 취학이나 직장 변경·전근, 질병, 전학, 해외 체류, 부모 봉양 등 불가피한 사유가 있는 경우 해당 기간을 거주기간으로 인정하는 방안을 마련했지만 인정 범위가 제한적이라는 지적도 나왔다.

특히 조부모가 손주를 돌보기 위해 다른 지역으로 이사하거나 자녀의 교육을 위해 다른 지역에서 전세로 거주하는 등의 현실적인 상황이 충분히 포함되지 않았다는 것이다.

이에 따라 기본공제 금액을 다시 높이는 방안과 함께 비거주를 인정하는 불가피한 사유의 범위를 확대하는 방안도 검토되고 있다. 비거주 인정 사유 확대는 시행령 개정만으로 가능해 국회 의결 없이 정부가 조정할 수 있는 부분이다.

다만 비거주 1주택자의 공제를 실거주자와 동일한 14억원까지 높일 경우 실거주와 비거주를 차등한다는 당초 정책 취지가 약화될 수 있다는 점이 정부의 고민이다. 부부 공동명의 1주택자의 기본공제를 각각 9억원으로 유지하면서 비거주 1주택자의 공제만 상향할 경우 형평성 논란이 발생할 가능성도 있다.

종부세 세 부담 상한선도 주요 쟁점으로 떠올랐다. 정부안은 종부세율 인상에 따른 세 부담 증가를 반영하기 위해 세 부담 상한을 현재 150%에서 200%로 높이는 내용을 담았다.

하지만 여당 내부에서는 종부세 부담이 갑자기 늘어나는 것을 막기 위해 세 부담 상한을 현행 150%로 유지해야 한다는 의견도 나오고 있다. 이에 따라 정부가 당정 논의를 반영해 세 부담 상한을 조정할 가능성이 거론된다.

김민석 더불어민주당 대표도 고위당정협의회에서 비거주 1주택자의 종부세 기본공제를 12억원에서 9억원으로 낮추고 세 부담 상한을 200%로 높이는 방안에 대해 추가적인 숙의가 필요하다는 취지의 의견을 제시했다.

정부가 최종적으로 세법 개정안을 수정할 경우 법제처 심사와 국무회의 의결을 거쳐 국회에 제출하게 된다. 정부는 일부 내용을 수정하더라도 재입법예고는 하지 않는 방향에 무게를 두고 있는 것으로 알려졌다. 반대로 정부안을 그대로 국회에 제출한 뒤 국회 논의 과정에서 세부 내용을 조정할 가능성도 남아 있다.

이번 논의 결과는 다주택자가 아닌 1주택자들의 세 부담에도 상당한 영향을 줄 수 있다. 특히 주택을 한 채 보유하고 있지만 직장이나 교육, 가족 돌봄 등의 이유로 실제 거주하지 못하는 사람들에게는 기본공제 금액과 거주 인정 범위가 종부세 부담을 결정하는 중요한 변수가 된다.

시장에서는 정부가 실거주자 중심의 세제 원칙을 얼마나 유지하면서 현실적인 예외를 확대할지에 주목하고 있다. 공제액을 지나치게 낮추면 실수요자와 장기 보유 1주택자의 세 부담이 커질 수 있지만, 반대로 비거주자에 대한 혜택을 크게 확대하면 실거주를 유도하려는 정책 효과가 약해질 수 있다.

한국 부동산 시장에는 세제 개편의 최종 내용에 따라 주택 보유와 매도 결정에도 변화가 나타날 수 있다. 특히 고가 1주택자의 경우 종부세 기본공제와 세 부담 상한이 실제 세금 부담에 직접적인 영향을 미치는 만큼 정부안의 수정 여부가 주택 시장의 심리에도 영향을 줄 가능성이 있다.

앞으로는 단순히 공제액을 얼마로 정하느냐보다 실거주 여부를 판단하는 기준을 얼마나 현실적으로 설계하느냐가 핵심이 될 전망이다. 직장과 교육, 가족 돌봄 등으로 주택을 보유하면서 다른 지역에 거주하는 사례가 많은 만큼 획일적인 실거주 기준보다는 실제 사정을 반영할 수 있는 제도적 보완이 필요하다는 목소리가 커질 것으로 보인다.

결국 정부와 여당이 비거주 1주택자의 기본공제와 세 부담 상한을 어느 수준에서 조정할지가 향후 부동산 세제 개편의 핵심 변수가 될 전망이다. 오는 9월 3일 국회 제출을 앞두고 당정 협의가 이어지는 만큼 최종 정부안에서 어떤 변화가 담길지 주목된다.

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